お考えのヒロインのシーン内容の重さは、その前後次第です。シーン単独では決定しづらく、物語全体の中での位置づけを考えないと、なかなか決定できません。以下、多少説明してみます。
１．ひたすらむごいシーンを連ねて評価が分かれた作品例
むごいシーンを描いて読者が離れることはあり得ますが、文章で読者が引くほどのむごさを出すのは至難の業です。絵や映像で語る作品なら、否応なく見せつけられますが、文章作品は読者の想像力に頼らざるを得ませんから、簡単ではないわけです。
しかし「ヒロインの扱いがひどすぎる、可哀そう」という不満を聞くことがあるのも事実だと思います。その一方、客観的に見た扱いが同じくらいひどいのに文句があまり聞かれない事例もあるんじゃないかと思います。
物議をかもしたほどむごい作品例は、例えば昔の小説ですが「完全な遊戯」（石原慎太郎著、1957年）があります。精神疾患の女性（ヒロイン）を主人公ら男数人で拉致、監禁し、性的暴行の限りを尽くした後、殺してしまいます。何の救いもありません。主人公らに天罰めいたものもない。
あまりの胸糞悪さに酷評する人が多かった。もっとも、あまりに突き抜けすぎているせいか、支持する意見もあったようです。いずれにしても、ありありと目に浮かぶほどの描写力、筆力あってのことでしょう。
２．絶望するしかないはずなのに感動される作品例
さらに古い時代の戯曲で、主人公カップルが最後に救いのない死に方をする作品があります。だけど貶す人は少なく、ほとんどの人は「感動する」「美しい」と高評価です。「ロミオとジュリエット」ですね。自殺を偽装したジュリエットを見たロミオは絶望し、後追い自殺で死んでしまう。それを見たジュリエットは本当に自殺してしまう。筋立てとしては救いがありません。だけど誰も絶望しない。
もし「完全な遊戯」で、ヒロインが最後には救出され、主人公らには天罰が下ったら、確かに胸糞悪さは減じると思います。しかし代わりに三文小説の評価を受け、安いR18と思われるでしょう。読者の多数から嫌われても、突き抜けることで少数から高い評価を受ける戦略と思われます（結果論かもしれませんが）。
一方、「ロミオとジュリエット」でもジュリエットは自殺偽装に終わり、ロミオは自殺未遂に終わって、二人はめでたく結ばれて幸せに暮らしました、なんてやらかしたら、安いラブロマンスの評価しか受けないだろうと思います。
「ロミオとジュリエット」は途中ではむごいシーンはありません。反目する親の家の目をかいくぐって逢瀬を楽しんだり、しかし満足するだけの時間は取れなかったり。ハラハラはしますが、それだけに観客は2人を応援したい気持ちが高まってきます。が、最後の最後で2人は共に死ぬ、つまり観客から奪われるわけですね。
３．ヒロインが突如、むごく奪われることで感動させる作品例
似たような感覚を起こす小説が最近でもありました。略称「キミスイ」の「君の膵臓をたべたい」（住野よる著、2015年）です。主人公のヒロインに対する興味が高まっていき（読者も高まる）、あと少しでヒロインが分かる、という寸前で、ヒロインが突然退場です。それも通り魔殺人事件被害者としてニュースで知らされるというもの。
これも、主人公と読者に対してむごい展開ではある。けれど、惜しいと思えるからこそ、貴重さをはっきり認識できる展開でもあります。「ロミオとジュリエット」も同様です。作者が観客/読者から奪ってみせないことには、キャラの魅力が本当には伝わらない。キミスイですと、主人公がヒロインの希望通りの行動をした、と読者は感じるはずです。「ロミオとジュリエット」ですと、反目していた両家の悲しみと和解で、2人の希望が叶ったと感じることができる。
４．鍵は読者が納得できる展開
言い換えますと、読者に納得させる手法になっています。たとえヒロインが死んでも、ヒロインの願いが叶ったと感じたら、納得できます。救いがないようで、実はあるわけですね。余韻も生じてまして、読者ごとに自由にヒロインの隠された心境を感じて、読者なりの満足を得ることもできます。
そこが「完全な遊戯」との違いではないかと思います。「完全な遊戯」だと、例えば読者的には「このむごさに耐えきった、目をそらさなかった」という自信などで納得するしかなさそうです。あるいは、どこをどう見ても納得できない完璧さに感心するか。
特に作品名は挙げませんが、「キャラをむごく扱いさえすれば、テンションが高まるだろう」という安易な描写、演出例はときどき見ます。要は刺激性を単純に高めただけ。一時的に目を引く効果が出ることもありますが、作品の人気や評価を高めることにはつながりにくいようです。
読者（や視聴者、観客）として、なぜむごくて不愉快なシーンに耐えさせられたか、分からないからです。最後まで読んでも必然性が感じられず、下手すると前後のシーンとの脈絡もない。ですので、テンションも持続できない。だからキャラはもとより、読んだコストについて納得できない。「何の作業をさせられたんだろう？」みたいな感じです。
５．意義が分かれば意欲が出る
最もきつい拷問は「無目的な作業」だそうです。囚人が「穴を掘れ」と命じられ、掘ったら「埋めろ」と命じられる。その繰り返し、みたいなものですね。それと似たようなものを作中に入れてしまったら、読んだ甲斐が感じられないのも無理からぬところでしょう。
しかし、もし囚人への命令が「穴を掘れ」→「苗木を穴に入れろ」→「埋めろ」だったら、何をしているかを理解し、命令が発せられた状況や、その後の状況も想像できてきます。結果、拷問どころかやりがいある仕事になりもするでしょう。
６．問題と思うシーンの前後に展開がある
ですので、ヒロインがそれほど手ひどく扱われないか、それとも厳しい扱いにするかは、その前後で決まります。まずは、例えば目を引くかどうかより、ヒロインのピンチの必然性が読者に伝わるかどうかです。うまく伝われば、おそらくピンチの後の展開を知ったときですが、読者は納得します。軽ければ軽いなり、重ければ重いなりに、です。
そうすると読んだ甲斐があると感じられ、話運びに好感を持つようになります。ヒロインの過酷な状況に限らず、「このシーンの○○についての描写の度合いはどれくらいがいいか」と悩んだ場合、たいてい前後の状況が問題になります。言い換えれば、単独のシーンだけで感動させられるはずはなく、話のつながりがどうなっているか、という、ごく当たり前の話です。
７．作り方に悩むシーンの前後を見直すのも大事
ですので、繰り返しですが、物語の構想的に問題のシーンの前後がどうなっているか、前後から推測できる適切なシーンの重さはどうなるか、と考えてみてはどうかと思います。これは作者都合を排して、読者目線で考える必要があります。作者的に何ができるか考えるのは、その後です。
もし、シーンの魅力だけで読者に読み進めさせたい、ということだと、筆力いかんの問題ですし、読者の限界をいかに突き抜けられるかになります（「完全な遊戯」の行き方）。非常にリスキーなうえ、多数の評価を得るのは事実上不可能でしょう。
的には不自然じゃないかと。