いえ、「尋ねたいことがある」とタイトルにあるけど、「３つの原因が見つかった」と書いてあるだけなので、何を尋ねたいのか書かれていないため答えようがなかったんじゃないかなと。
まとめると、「自分の作品に不足している部分を見つけたと思うけど、それをどう活かしていいのかわからない、どうすればよいのか？」ということで問題ないでしょうか？
１の「フィクション私小説
であることに目を背けていた」ことは、それで何が問題になっているのかわからないので、何とも言い難いです。
フィクションでありエンタメであることを考慮せず、ただの自分語りになってた、という事でしょうか？ 主人公に作者自身を投影する形である以上、それはある程度は仕方のないことです。
２と３はおそらく同じモノが原因でしょう。
キャラクター
プロブレム、要するに「登場人物が抱えている問題（ないし目標や目的）」ですが、こうした「登場人物の問題」があれば「その問題を解決することが物語である」と読み取れます。
すなわち、「主人公の問題」があれば「主人公の問題を解決する話」になるわけです。
この「主人公の問題を解決する話」を書いたとき、その物語の「中心になる人物」は誰になると思うでしょうか。
もちろん、主人公の話なんだから「主人公」が答えですよね。
さて、ではこの「登場人物の問題」が無かったら。
誰の話なのか何の話なのか、わからなくなりますよね。「問題」があるから「それを解決する話」になるので。
同じような悩みを抱えてるタイプでよくあるパターンは、ヒロインを押し出したいがために、「ヒロインの問題（や目的など）」は決めている、それを中心に話題を盛り上げている。という作品です。
「ヒロインの問題」だけを決めているので、「ヒロイン中心の話」になるのは当たり前です。一方で「主人公の問題・目的」を決めていないので主人公は状況に流されるままで空気になります。
主人公が空気でまったく目立たない、どうしよう。という悩みが生まれるわけですね。
この問題を抱えつつ、しかしこれを読者にまったく気づかせないよう上手く仕上げることも可能です。
代表的なタイトルは「とある魔術の禁書目録」のシリーズです。
これはヒロイン・サブヒロインが問題を抱えていて、それを解決していく話になっており、主人公にはこれと言って明確な問題も目的もありません。
でも、物語は主人公を中心とし、主人公が活躍し、主人公の物語になっています。
ポイントは、ヒロイン・サブヒロインの問題や目的達成の手段を、その大部分を主人公に丸投げしているという事で、展開で上手く主人公を動かしています。
問題解決するには主人公でなければならない、という状況に上手くもっていっています。
これにより主人公は動かざるを得ず、「ヒロインの問題」なのに「主人公中心の話」に仕上げてきている。
当然のこと「主人公が空気」という事態にはなっていない。
キャラクタープロブレムというのは結局のところ「物語」すなわち「何の話であるかという定義」の問題で、それを決定づけるための道具でしかありません。
ならば、単純に「これはこういう話です」「コイツの物語です」と印象づけることが出来れば良い話。
主人公に「プロブレム」が無いのなら、話題の中心になってる事を主人公に押し付けてしまう展開を用意する事です。
そうすれば、主人公が動くことになり、主人公中心の物語となり、主人公が空気になることはあり得ません。
また、「核心に近づけない」という問題については、おそらくですが「キャラクタープロブレム」とはあまり関係ないと思います。
「核心に近づくためのキャラクタープロブレムを用意していれば核心へ近づく展開が簡単になる」という事は確かですが、それが無いと出来ないという話ではないので。
例えば、「謎の組織に両親が殺された」というプロブレムがあれば、主人公が黒幕を追ってく（つまり核心に近づく）ための動機が十分にあり、何もしなくてもヒントを置くだけで核心に近づけます。
しかし、「ヒロインの両親が謎の組織に殺された」というプロブレムの場合、主人公としてはほとんど関係がない。ヒロインのために一緒に捜査しているという形なので、動機が薄く、ヒロインが１人で動いたら主人公は空気になってしまう。
でもこれは前述したように「ヒロインの問題を主人公に丸投げ」出来れば主人公が動くことになり、主人公の話として空気になることはないし、ヒントを置けば核心に近づける。
ヒロイン主体の物語にはよく「ヒロインが魔力不足で倒れた」とか「ヒロインが体を酷使したため身動きが取れない」なんて展開あるでしょ。そうすることで迫りくる危機を主人公が動いてどうにかしなきゃって流れにするため（つまり主人公に丸投げするため）の展開なので、ヒロインが倒れる展開がよくあるのも当然なわけですね。
また、キャラクタープロブレムを何も用意してなかった場合でも、結局のところは「主人公が動けば」それで同じことが出来るので、難易度は上がり難しいというか面倒くさいけど、どうにでもできます。
つまり、キャラクタープロブレムはあれば便利というだけです。
さて、「核心」についてですが、これは単純に「核心へ近づくための道筋」を用意していないことが原因です。
三段論法というのがありますが、これを参考に「主人公が疑問に思う」「主人公が何かに気がつく」故に「主人公が核心に辿り着く」というように３つのステップを考えてみましょう。
最初は適当で、無茶苦茶でもかまいません。
そしたら、極論ですが、「主人公が疑問に思う」というシーンを書けば疑問に思ってる様子が表現できますし、「主人公が何かに気がつく」を書けばヒントを得ますし、「主人公が核心に辿り着く」を書けば核心にたどり着きます。
道筋さえ決めてりゃ、たった３つのシーンで書くことは出来ます。
もちろん３つのシーンだけでは強引な展開になってしまうので、更に細かく道筋を考えていきます。
この細かい道筋も、
「主人公が疑問に思う」「主人公が◯◯する」「主人公が何かに気がつく」
「主人公が何かに気がつく」「主人公が◯◯する」「主人公が核心に辿り着く」
と、また三段論法を参考に間を穴埋めすりゃいいだけです。
これを繰り返せばどこまでも細かくしていけます。
納得できる自然な流れになったらそこで止め、それぞれをシーンとして組み立てて、本編に投入していけば良い。
ぶっちゃけ、本編でも展開に詰まったり主人公が空気化してることに気がついたり、物語の概要が思ってたのからズレてきたり、というのは、最初に物語本編の道筋を作ってないためです。
道筋、まあつまりストーリー
ラインを作って把握していれば執筆前に気がつく問題点なので、もし、ちゃんとプロット
は作っている、というのであれば、そのプロットの作り方に問題があるのではと思います。
>>まとめると、「自分の作品に不足している部分を見つけたと思うけど、それをどう活かしていいのかわからない、どうすればよいのか？」ということで問題ないでしょうか？
１の「フィクション私小説であることに目を背けていた」ことは、それで何が問題になっているのかわからないので、何とも言い難いです。
フィクションでありエンタメであることを考慮せず、ただの自分語りになってた、という事でしょうか？ 主人公に作者自身を投影する形である以上、それはある程度は仕方のないことです。
まさしくその通りです。
ヒロインの問題だけを偏重したので物凄くバランスが悪くなってしまいました。
きっかけは友人から問いかけられたたった一言の質問です。
「ヒロインが主人公のことを好きな理由は分かったけれど、じゃあ、逆に何故主人公はヒロインのことが好きなの？」と聞かれたとき、答えが全く出てきませんでした。
好きになったきっかけが「何となく」なんてあの話の展開では無理がありますので当然当時僕の中では大問題になりました。
「もともと、被差別人種の「白エルフ」であるヒロインの悲しい過去と、自身の発達障害をやり玉に挙げられていじめられ続け、首謀者たちを沖縄空手を以って私刑にかけ続けた主人公の修羅の如き人生が交錯し、互いに協力して人生最大の試練に立ち向かうという図式にするはずでした。ですが、主人公が彼である理由がきちんとあるのに生かし切れていません。どうすればいいでしょうか？」とお尋ねしたほうが的確だったかもしれませんね。
わかりづらくてすみませんでした。。
であることに目を背けていた」ことは、それで何が問題になっているのかわからないので、何とも言い難いです。
プロブレム、要するに「登場人物が抱えている問題（ないし目標や目的）」ですが、こうした「登場人物の問題」があれば「その問題を解決することが物語である」と読み取れます。
は作っている、というのであれば、そのプロットの作り方に問題があるのではと思います。