私は創作ど素人ですが、味方サイドかつ善人なキャラほどそうなりやすい傾向が強いのが長年の悩みです…。
ある程度そういうの描いてから辛すぎて泣いた…なんてこともありました…。
ただ、そういうシーンを脳内から削除することも出来ないことが多かったので、何故なのか自分なりに考えたんです。

結論から言うと、「鬱・残酷な目に遭うことも含めてそのキャラの一部として大事だから」となるかなと。
私の場合は書く物語が「巨悪に立ち向かう主人公の戦記」だからだとは思いますけれども…。
いくら悪でも打ち倒す（=殺すor死ぬより酷い目に遭わせる）のは動機が必要です。
定番な動機で言えば、「家族を殺されたから復讐したい」みたいな…。
ただ悪だからといって、普通は殺せませんからね…殺したくなるほどの怒りとかは無いと不自然なのかなと…。

そして敵が強く、倒すのが困難な程、相対的に動機の意味とかも強くなるのではないでしょうか？
いくら酷い悪役でも、そいつが強いなら…自身が強くなるとか、何かしら作戦立てる必要がある訳ですよね？
強敵を倒すにはそれだけ苦労が必要ですが、その苦労を惜しまないためには理由が必要になるかなって

一般論にはなってしまうかもしれませんが、そういうことで私は納得しました。