主人公が属するコミュニティでは、主人公自身が中心人物(リーダー)でなければならないか (No: 1)

それこそ物語次第です。

確かにリーダー的な立ち位置になることは多いでしょう。主人公より強いキャラクターがいたり主人公よりカリスマがあるキャラクターがいたりしても、彼らの薦めで主人公がリーダーになるというシーンは一種のテンプレだと思います。
主人公である以上は「主人公の活躍」を描くわけで、その活躍の最終的な立ち位置がリーダーに行き着くのは自然の成り行きです。
逆に、活躍してるのに出世しないというのも不自然かなと。
それで言えば「主人公かヒロインのどっちがリーダーに相応しいか」と問えば、その物語で活躍させたい方、その物語で中心である方。ということになります。

ですが、これはあくまで「その組織の物語」である場合ね。
例えば主人公一行が海賊を退治して、その海賊の残党に慕われ「頭になってくれ」などと言われる展開はまま見ると思う。
この場合、主人公の物語にとって海賊組織は関係ない事なんで、そこで活躍してもしょうがないし、「リーダーは俺じゃなく、オマエだ」的に別キャラに譲ることもまたテンプレと言えるほどよく見るでしょう。
この応用としては、主人公はある組織の一部隊のリーダー、活躍して幹部になる話が出る。
組織の話ではあるけど、正確にはこれは「一部隊の話」なので幹部の話は断る主人公。という展開になるでしょう。
なので、その組織の有り方や目的が主人公のそれと合致しない場合は、ヒロインに席を譲ってしまったほうが妥当だと思います。

また、そもそも「無能な指揮官の元でふんばる主人公」とか「優秀な兄貴分を慕う主人公」とかそういう話の場合、つまりコンセプトからしてリーダーの話じゃないという物語もあるので、必ずしも「リーダーでなければならない」という話にななりません。
「中心人物でなければならないか？」というのも、必ずしもそうとは言えません。
というのも、「コミュニティでの中心人物」と「物語の中心人物」は決して同じものではないためです。
ジャンプのワンピが例に出てるので、同じくジャンプ作品を挙げると、「ワールドトリガー」は一部隊のリーダーが主人公で、その部隊の関係者が中心になって話は回りますが、彼らがコミュニティの中心人物とはなっていません。
また、ナルトの場合は、主人公は最終的には火影という里のリーダーになりますが、それはエピローグのことであって、本編では下忍や中忍、ようは下っ端として描かれており、チームの中でもリーダーとは言い難いポジションです。
しかし、基本的に主人公は活躍し、主人公を中心に話が回ってゆきます。
つまり、設定や環境の中心的存在は必ずしも物語の中心人物にはなりえないわけです。

これを理解したうえで、再度「主人公は『物語の』中心人物でなければならないか？」と問えば、例外はあるものの、これはその通りだと言えます。
そもそも「主人公」の定義が「話の中心人物」なので当たり前の話ですが、例えば「今回はヒロインの話」という場合は「ヒロインが中心人物」になります。
なので、物語次第であり、その組織が物語の中でどういう有り方なのかという状況によって答えは異なります。
例に出されたONE PIECEなどの場合は、単純に「この海賊の話」であって「この海賊の活躍を描いた話」なので、前述した通り、主人公がそのリーダーになりコミュニティでもストーリーでも中心人物となるのは相当だろうと考えられます。