プロットで話が枝分かれしてしまいました。 (No: 1)

短編で話が枝分かれして全く別物になってしまったとしたら、私なら作品そのものを２本に分けますね。そのうち１本を練り直し、もう１本はストックとして取っておくと思います。１本の予定だったのが２本分のアイデアが得られたことになるので、むしろラッキーなんじゃないですか？

長編の場合は１本にまとめられないか一応検討するかもしれませんが、これは内容次第かと。無理にまとめるのが得策ではないケースもあると思います。

なろうのランキングを見ていると、結構上位に短編が多い気がするんですけど、
それらの展開の傾向として、「主人公が何かしらのピンチで盛り下がりを続けて、ラストで大逆転する」ものが結構ウケている気がするんですよね（あくまで個人の主観です）。
なので、二つの展開のうち、どちらが読者にウケるかで、私の場合は採用するかなって思いました。

没にした原稿や案も、保存しておけば、後で何かに使えるかもしれませんよ。
私は長編の没案を短編を書くときに使ったこともあります。
一から考えるよりは楽なときもあると思いました。

あくまで個人の意見ですが、何か参考になれば幸いです。

プロになって、それっきりの奴に足りないのは『人間性』だ…！！！
学校の感覚で、短距離僧をすると死ぬ！ いわゆる石の上にも三年である！！！！！
短距離僧に必要なのは『悲壮非悲壮』の境地！！！
ヒントは『片面で二次創作、堅めで一分半』だ！！