追記。むしろまず本筋からかな。の返信

(no.7、11まとめて返信しています。二回もお答え頂いてありがとうございます(*^^*))
　あまくさ様、ご回答ありがとうございます。返信が遅れてしまい、申し訳ございません(;_;)私生活が忙しくて、掲示板を訪れることが難しくて……。こんなに丁寧なご回答を頂けるなんて嬉しいです！ありがとうございます。

>>クセのある主人公～
　そういうこともあるんですね。例えば最低な性格をした主人公が取った行動対して、どこまでがボーダーなのかを迷うこともある、ということでしょうか？　いい子過ぎてもおかしいし、悪い子過ぎても好感度が……みたいな？(間違ってたらすみません(;_;))自分の作品にいる主人公はそこまでクセが強くないので、あまくさ様がご経験なさったことは、自分にはまだまだ未知の領域です。逆に「今の主人公のセリフ冷たくない？(=性格設定と矛盾&好感度的に問題あり)」といった経験ならあります。その時はセリフのニュアンスを少し弄って何とかなりました。

>>自分がどういうウリを考えていたのか～
　キャラクターのウリを起点に、ですね！　自分に足りなかった視点ですね……(;_;)「ストーリーラインに合わなくなったから変えようかな」という流れで、消えた子や色々あって二人に分裂した子とか出ていました。でも辻褄合わせのために消したり修正したりしたことで、生じるデメリットもあるわけですよね。魅力、面白さ！　意識してみます！

>>部分的な辻褄合わせは軽視～
　ストーリーの大筋を再確認ですね。ここもダメだったのかも……。スタート、ラスト、主人公の性格目的を何となく決めてプロット書いていたのですが、ふわっとこんなこと書きたいとしか決めてない中間でつまづいているんですよね。大筋を決めたつもりが大筋過ぎて、作者ですら物語を掴みきれていないのかもしれないです。

>>想像ではそこが不明瞭なまま、部分的によさそうな設定やエピソードを盛りすぎているのではないでしょうか？　
　あれ？　あまくさ様、自分のスマホ覗きました……？　図星過ぎて返すお言葉もございません(；・ω・)物語の中程辺りは「こんなエピソード入れたいなぁ」といったものを盛り込んでストーリー作ってました。
　それが自分の能力では処理しきれていないから辻褄が合わない事態が発生しているということですね。何だか霧が晴れた気がします！

>>だとしたら、上のような本筋に必要な部品だけを採用し～
　切り捨てるのは特に気にしないのですが、何を切り捨てるべきなのかが、自分には分かってないような気がします。ストーリーの本筋を決めて、それによりそぐう方を採用するというやり方で大丈夫でしょうか？
　あまくさ様のおっしゃる通り、本筋が曖昧だからこんなに迷走しているのだと思います。既に決めているスタートとラストや主人公の目的を軸にして、本筋を精練できるように頑張りますね！

>>ストーリーを構造的に見極める技術～
　最近、三幕構成という考え方を知って、自分の作品をそれに当てはめてみようと頑張ってるのですが、なかなか難しいです。この三幕構成も、要は本筋を見失なわないようにってことなんだなと、あまくさ様のご説明を聞いて感じました。

　最後になりましたが、実体験を通した貴重なお話、身に染みました！　特に、「部分的によさそうなエピソードや設定を不用意に採用しているから本筋が不明瞭になる」という旨のご指摘は、自分が悩んでいた何かが、明確な形を持って現れてくれたように感じました。今書いているプロットを一度リセットして、本筋を書ききってから細部を詰めるように書き方変えてみます！
　ご回答ありがとうございました！