原型をいじって改変で済むのはどこまでかの返信

状況による……ような。
ガルパンの例というのもまた良い例のようで微妙な例になってる気もする。
というのも、型番とかって識別番号だから、例えば「３０口径を注文したけど、勝手に魔改造されて普通の３０口径とは違うのが来た」ってなったら使い物にならないわけで。
一方、ガルパンは戦車を使うコトから軍隊のようではあるけど、実際は部活動なので派手なカラーリングにしてもいいし旗を立ててもいいし、このあたりは魔改造ですらないけど、とにかく規定は何もないので自由にできるでしょう。
なので、ガルパンの自由な例を出されると、じゃああなたの想定はどういう状況なんです？　って話になっちゃう気がする。

基本的には、特徴が変わらなければ改造の域だと思う。
例えばザクⅡに対し出力性能をUPさせたシャアザクというのは、言ってしまえばザクⅡ改と言える機体。
一方でザクⅡに対し、基本性能は似ててベースも同じだけど近接により特化させるという設計思想で作られた機体はグフと名称を変える。
そして、当たり前だけど武装や戦闘地域の仕様（宇宙・地上・砂漠）が変わっただけで特徴は変わらない場合、ザクⅡはザクⅡのまま名称は変化しない。一応○○用とか○○タイプと付くけども。

個人的な意見になると思うけど、製品仕様そのまま一切を手つけてないノーマル状態でなければ○○型とは名乗れないと思う。
一切手を付けてない状態の識別番号なわけだから。
整備士がいじって性能を上げたのなら○○型整備士カスタムとか、整備士ちゃんスペシャルなんて言ってたりするコトよくありますよね。
ただ、例えば「今回は暴徒鎮圧用に放水タンクを積む」とか、「今回の作戦用に装甲を厚くした」とか、正確には「その作戦用カスタム車」なんだけど、そのカスタムを使う場面が限定的すぎるんで、「通常車」と「カスタム車」で名前を使い分ける必要がないかなってコトはあると思う。
なので、正確には「カスタム」だけど名称は「通常車」のままだと思う。
出番が多いなら「カスタム車」と呼んで差別化するけど、そこは作者の裁量じゃないかな。