私は書きたいものを書くタイプなので、
ご質問の答えには「好きに書けばいいじゃない～♪」って感じです。

なので、やとうさんはどのような目的で小説を書かれるのでしょうか？
私と同じ考えなら、そのまま書かれたほうがいいと思いますし、
公募も視野に入れているなら１０万字くらいのほうがいいと思います。

あと、プロットを拝見して気になったところは、
どんな読者を想定されていらっしゃるのかなぁと。
ライトノベルなら、ヒロインの女性キャラは重要かと思うんですが、
全然存在を感じられないので…