序盤と結末が決まっているのなら、その間をつなぐものは謎か葛藤、またはその両方です。
序盤で大切な姉が突然いなくなった。死んだのか行方不明になったのか分かりませんが、いずれにしてもそこに何か秘密が隠されているというのがドラマの定石です。秘密があるならその真相を探しまわる過程がストーリーになります。

それと、すでに他の方が仰っていますが、大切な人がいなくなったのなら、その大切な人のそっくりさんを登場させるというのもパッと思いつくパターンの一つです。私はあるマンガを思い出したのですが、その物語ではヒロインがストーリーの途中で死んでしまうんですね。その後、そのヒロインに容貌がそっくりな少女があらわれます。
これだけで、かなりの葛藤要素をはらんでいることはお分りですか？　主人公と二番目の少女はストーリーの先の方では親密になっていくのですが、当然、おたがいに簡単には受け入れられない状況ですよね？　また、取り巻く者達からも複雑な感情が生まれるでしょう。

もう一つキーワードをあげるなら、ドンデン返しです。
読むせんさんの尻馬にのるようでアレですが、姉がいなくなった　→　姉にそっくりな人に出会った、というパターンでいくなら。
結末近くなって、それは実はそっくりさんではなくて姉その人だったことが分かる。そういう流れは考えられないでしょうか？
無理があると思えるかもしれませんが、その無理な状況を成立させることはできないかと考えることによってストーリーは形作られます。
一例として、主人公がかなり幼い頃にも何かの事情で姉と離れて暮らしていたとします。少し成長してから姉が戻って来るのですが、この人が実は姉ではなく成りすまし。何らかの企みがあって接近してきたんですね。で、その成りすましが消えた後、本当の姉と再会するのですが、姉は何か理由があってそのことを隠します。

とかなんとかです。
そんなことを考えてこねくりまわしているうちに、ストーリーというのは出来てきます。