個人的には理由は二つあって、
一つは、創作の病気は魔法と同じだからってことですかね。
その病気という設定が物語に及ぼす影響という意味でね。
だから、単純に不治の病って話なら癌でもいいし、昔なら結核とかでも問題ないと思うよ。
創作の病気はいろいろあるけど、物語と深くリンクするものでパッと思い浮かんだのが からくりサーカス のゾナハ病。これは「人を笑わせないと呼吸困難になってやがて死に至る」っていう病気だけど、そんなの現実にはないでしょ。
創作の病気じゃないとダメなんじゃなく、物語の切っ掛けや障害など要素の一つに病気を使う場合、ただの設定で済ますのではなく病気であることをちゃんとストーリー展開に利用しましょうってこと。その利用しやすい病状は、魔法のように自由に設定できる創作病名のほうが自由度がありますよね。ってだけの話。
だから、別にストーリーに深く絡んでこない場合はそこにリソースを割くのも面倒だし話がややっこしくなるので、設定上「不治の病」って結果だけが欲しいのみならあまり深くは考えないですね。

二つ目の理由は、あくまで作品の閲覧者が多いような場合、本になったりとかする場合は、「実在の病気」は、実際それで苦しんでる人がいるからね。
癌で苦しんでる人に 愛の力で癌が治りました なんて展開見せられないし、不治の病でそのまま亡くなりましたなんて話も書きにくい。
とはいえ医療漫画とかだと当然のことハッキリ書くわけで、つまりは犯罪や事件なんかも同じだけど、配慮できるほど作者に知見がありますか、って話になるんよ。
物語上特定の結果が欲しいだけであるなら、創作にする・曖昧にするとしてしまったほうが妥当な答えだとは思う。