この世界には「飽和攻撃」という概念があって、例えば5個ぐらいのミサイルが日本に着弾しそうになってもペトリオット(PAC-3:Patriot Advanced Capability-3)パックスリーとか、もっと早く作動する色々なもの(ちょっと失念しちゃいました。ミリタリーは弱いです。)が動いて落とせますが、簡単に言うと1000個のミサイルが同時に着弾しそうになったら、自衛隊は日本が火の海になるのを手をこまねいて見ていることしかできません。しかし、そもそもミサイル自体が、ちゃんと日本を狙って落とせないので大丈夫です。
地球に攻撃されるものをなんとかしたいなら、地球の表面全部をカバーするために、一万機ぐらいの宇宙船は必要かと。