小説初挑戦、という事なのでしょうか。
　その場合、本当は『細かい設定を詰め過ぎず、一度一万字ほどの適当な短編を書いてみる』ことをオススメします。

　が、それじゃあ引き下がれないだろうというのも、理解できるので『こういうものもやってみると、もう少し物語が作りやすいと思うよ』というアドバイスを幾らかします。

①テキストデータではなく、紙に一通りの設定を書きだし、関係性を模式図にしてみる
　パソコンでやりゃあ良いのに、と思うかもしれませんが、紙面上の視覚的な分かりやすさというのは結構バカにできません。複雑に組み合わさっている物を、一度分解して並べ直すのも、創作の上では大事です。

②『物語の軸』を決めましょう。
　これは言い換えると、『テーマ』と『ジャンル』を決めましょうという事です。偉い人のインタビューを見ると、『そんなものを決めて堅苦しく作ると、面白くならない』と絶対に言われるんですが、それはある程度の腕がある人の話なので、一旦決めてしまいましょう。
　見た感じ、質問者さんの狙っているジャンルは『アクション』ベースに若干推理要素を入れたい、という感じでしょうか？

　そちらが決まっているなら、もう一つも決めてしまいましょう。この場合の『テーマ』というのは『復讐モノ』とか『主人公無双』とか『主人公の精神的成長』とか、そういうやつです。
　つまり、物語の中で主人公が大筋として何を為すのか、という事です。質問文からはそれがあまり読み取れませんでした。主人公の能動性・受動性に限らず、ストーリーとしての目的は早めに決めておきましょう。

③『怪異』の世界観的本質を決める
　これは、主人公やその周囲が知っている『常識』とは別に厳密にその世界の事実としての設定を指します。その上で『怪異の本質』とは何ぞや、という話ですが。

　例えば、怪異を『生態系内に存在するオカルトパワーを持った存在』と定義するなら、そもそも『人間に友好的な怪異』と『人間に敵対的な怪異』の両方をひとまとめに『怪異』と呼んでいるのはリアリティ的に無理があります。何故なら、『オカルトかどうか』以前の所ではっきり区別しうるものであり、敵対者の側は明確に『害獣』だからです。
　一方で、『人間の感情から生まれた存在』というような設定であれば、単純な悪役ではなく、人間の側の責任の問題やそもそも戦いの在り様が『人間が自分の責任を取っている』といえる形になるため、意味合いが変わってきます。
　また逆に、『人間の感情を食べる生き物』として見れば、これもまた人間と怪異の付き合い方に関する複雑な事情をのぞかせる展開になるでしょう。

　逆に言うと、そういった点を細かくつめないまま『怪異嫌いの主人公と妖怪を相棒にするヒロイン』という構図を書いても、全体的にふわっとした物にしかならないと思います。

④主人公の両親について。
　ご存じかと思いますが、人間の人格形成は、両親などの家庭的な要因の影響を強く受けます。主人公が怪異を『悪』と断じて憎んでいるという事は、通常、その両親も似たような性格になるんじゃないでしょうか？　ここで疑問に思うのが、そんな両親が主人公をわざわざ『妖怪なんかと仲良くしている下賤な連中』の所に送るでしょうか？
　逆説的に言えば、『主人公の妖怪への敵意は両親が原因じゃない』とか『両親も妖怪を悪だと思ってるけど、それでも主人公を送り出した理由』とかが本来あるはずなんです。
　そこを決めてみると良いんじゃないでしょうか。

以上。長文失礼しました。