書籍化を目的としてるなら、Webは止めた方がいいんじゃないかなぁ。
公募で手応えがあったのなら、傾向と対策を練ってそっちに集中したほうが良いよいな気はする。

うーん。
Webについては私も知ったようなこと言ってるけど、ここ１０年くらいの間でずいぶん変わったようにも思ってて、みんな書籍化をゴールにしてるんかな……。
私の感覚では同人誌みたいなものという感覚だから、例えばコミケで素人個人が商売しようとするとだいたい爆死するから止めた方がいいって回答なんだけども。
コミケもさ、大手サークルだと結構儲かるし中堅でも部数とか計算すりゃ外部からでも売上は見れるから、なんだ儲かるんじゃん、こんな素人漫画がこんな儲かってるのかよ、と思うんだけども、現実は全然違って「これは趣味でやるものだなぁ」と気が付き反省する、という時期が割りとあったりするのよね。
ただこれ、数字上では確かに儲かるし自分でもできそうなレベルの本がかなり売上てることもあるし、初心者に何度注意してもキツく現実を見せてやっても、わからんのよね。素人でもできそうな気はするから。感覚での「イケそう」は実際に失敗して痛い目を見ないとわからない。
Web小説で書籍化して収入を得るってのは、それと同じレベルの話だ、という認識です。
でも、そこが変わってきてるのかなぁと、ちょっと思ったりもする。

プロの作品と素人の（Web）作品とで大きく違うのは、エピソードのまとめ方、つまり構成力なんですけども、
例えば「昼食を食べる」という何でもないシーンをエピソードにまとめるとき、プロはそれを一つの物語にする。
「田舎のかーちゃんが作ってくれた煮物を思い出す味だった」みたいな。
でも素人の場合は、「昼食を食べてるシーンを面白おかしく書く」みたいな感じを目指そうとする。メインストーリー以外は話としてまとめない。フワッとまとめる。
これはどっちが技術を必要とするか経験を必要とするかと言えば断然にプロの方で、ちゃんと話をまとめてエピソードにするってのは物書きの基礎レベルの事だと思う。
けど、Web小説が人気になってる昨今、求められてるものはそんな「プロ」ではなくて「ふわっとまとめる」方なんだよね。
プロのほうは話を理解しないと理解できない、まあ当たり前のことだけど、ちゃんと読み解いていかないと理解できないんだけど、
初心者のほうはフワッとだから、理解しようとしなくても問題なくて状況がわかれば話はわかる。だから読むのが楽。

で。
公募用は当然のことプロにならんとしてる人の作品だから、構成力を持ってちゃんとまとめないといけない。
Webの場合はむしろそういうのは邪魔にもなりかねないから、まとめる事は必要だけど、状況を書いていくだけで必要十分だろうと思う。
つまり、公募で最終まで行った人の作品がWeb掲載したら全然だったなんてのはよくある話で、Webでの手法で書いて新人賞に送ったって上手くいかないのは当たり前だったりする。

とはいえ、個人的にはこれは文学作品の進化の過程だと思うから、たぶんそのうち公募に耐えられるWebの手法で受賞する人とかが出てきて、それが一気に流行るんじゃないかなと思ったりもする。
ようは、わからん。
少なくとも現状は公募とWebは求められるものが全然違うし、作り方も違う。
けど、いつまでもそうだとは限らない。私もそう遠くない未来でガラッと違う回答すると思う。

ほんでスレ主さんがどっちに集中したほうがいいか、という話で言ったら、両方やってみて手応えあったほうに集中するのが良いでしょうという至極まっとうな回答しかないような気がする。
ただ、文脈からわからないけどWeb投稿したものは公募用の落選作なのか、Web用に書いたものなのかで話はちょっと変わってくる。
Web用でない作品で手応え無かったのなら、まずはWeb用の作品で手応えを確かめてみるべきだと思う。
そんで、１作でドーンとハネるってことは早々ないから、最低でも一年は連載なり短編を更新し続けるなりで様子を見ないとWebではどうかなんてわからないと思う。