既に良回答が多々ありまして、スレ主さんも納得するものが少なくないようです。蛇足になるようではあるるのですが、少し気になることがあり、回答してみます。

要は「投稿サイトと公募での、読者の差を考えてみては？」ということです。

投稿サイト（WEB読者）と公募（下読み～編集者～選者）との差はどうお考えでしょうか。公募って「無償で世の中の人材を発掘し、その人材に栄誉を与える」なんてものではないですよね。公募は商業行為であり、「ウチの出版社に儲けさせてくれる作者はいないか、作品はないか」というものであるはずです。

また、公募では応募作品は必ず読みます（少なくとも下読みさん）。好みじゃないから、つまらなさそう、とか感じても、読み切らないということはありません。評価シートも、読んだ人自身の感じ方には特化せず、例えば「八割がたの読者はどう感じるか」になるはずです。

一方、WEB読者は「自分が楽しめたらOK」のはずです。感想で作者に「プロになれそう」とか「玄人はだしだ」とか言ってくれたとしても、作者がプロになることを喜ぶわけではないでしょう。出版社に「こんな凄い人がいる」と紹介してくれるわけでもありません。自分の感じたことについて、どの程度かを表現しているに過ぎません。

しかも、作品を読み始めたWEB読者全員が感想を返すわけではありません。かなりのWEB読者は冒頭で読むのをやめるでしょうし、さらに半ばまでで離脱する人も少なくないでしょう。投稿サイトの作品数は膨大で、読者の余暇時間は有限ですから、面白そうな気がする作品に流れるのは必至です。

読み切って、感想までくれるWEB読者はごく一部であり、ほとんどは何かが気に入ってくれた人であるはずです（無名作者、無名作品にアンチは生じにくい）。好意的な感想が主でも不思議ではないわけです。

ですので、公募と投稿サイトでは判断基準が全く異なることは意識しておいたほうがいいんじゃないかと思います。

簡単にまとめてみます。公募は「その作品で我々（出版社）を食わせてくれるのか？」が基準であり、投稿サイトは「自分一人が面白かったらいいよ」が基準です。評価が相反しても当たり前なのです。

その上で申しますと、投稿サイトのWEB読者は長所を教えてくれます。感想は、その長所に感動する人がいることを証明してくれているわけです。スレ主さんの作品が刺さる人は必ずいる。ですので、長所は長所であり、伸ばせばいいです。

公募の評価では、たとえ長所についてでも、金になるレベルとしてはどれくらいかを教えてくれます。例えば「コンスタントに1冊1000円で買ってくれる」レベルまで、どれだけ伸ばすべきかを教えてくれる、と考えたらいいんじゃないかと思います。長所が実は欠点だ、みたいな話ではないわけです。